由吴佩孚组织的“闽浙战役”，极大震动了满清在福建、浙江的统治。在情报局特工和政工人员地鼓动下，两地民众热切盼望独立军的到来，各城镇纷纷爆发了武装暴乱事件，这些暴乱的后面，无一例外地出现了情报局的身影。
而闽浙军队，在情报局福建组地长期经营努力下，多次出现阵前倒戈，这也让吴佩孚地推进顺利了许多。
随着３２、３３两团地迅猛推进，６月，福州门户宁德被攻克，福州已直接处在独立军炮火地威胁之下。接到吴佩孚最后通牒的福建总督许应，心急如焚，求援信一封接一封地发往拥有重兵的两广总督岑春煊处。但是，与军政府签有《苏广合作互助协议》的岑春煊非但按兵不动，还主动向军政府抛去了橄榄枝，探讨双方进一步合作的可能性。
福州城里不仅仅只有许应一个人急，有人比他更急。眼看着独立军兵临城下，福建提督于庭栋知道自己再不动手，一怡城破，等论功的时候可就没自己什么事了。下定了决心的他，在６月１９日夜间，在福建组地帮助下，带着数千亲信，攻破了总督府，宣布自任闽浙总督，统辖闽浙全境。福建总督许应趁乱逃跑，这以后再也没有了他的音信。
２０日，于庭栋派出使者进入吴佩孚军营，要求按着大元帅李国勇当初答应的条件进行谈判。可是让他没有想到的是，吴佩孚竟然以从未接到命令为由拒绝了谈判的要求，并限令于庭栋必须于三日之内无条件投降，否则城破后以战犯论处。
又气又急的于庭栋四处寻找军政府的联系人闽大，可这时这些天一直和他朝夕相处的闽大居然人间蒸发，再不见了人影。恼怒不已的于庭栋此时即愤怒于李国勇的背信弃义，又悔恨自己攻打总督府的行为，现在军政府和满清两条路都被自己亲手堵死。这个时候的福州城内，民心浮躁，要求打开城门迎接独立军的呼声一片。军营里也暗潮涌动，甚至有的军官直接派人去和福建组秘密接触，要求单方面投诚。
吴佩孚限定的三日期限的最后一天，走投无路的于庭栋，终于下令打开城门，撤消自封的闽浙总督头衔，福建全境停止抵抗，各地军队无条件向独立军投降。
１９０４年６月２３日，闽浙战役结束，福建浙江并入军政府势力范围，设福建省，浙江
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